2025年9月18日、メルセデス・ベンツ日本はCLEクーぺの特別限定車「メルセデスAMG CLE 53 4マティック+ クーぺ マヌファクトゥーア エディション（MANUFAKTUR Edition）」（限定100台）を設定し、全国のメルセデス・ベンツ正規販売店ネットワークとオンラインショールームで注文受け付けを開始した。納車は2025年9月以降を予定している。
「マヌファクトゥーア エディション」主な追加装備
特別限定車「メルセデスAMG CLE 53 4マティック+ クーぺ マヌファクトゥーア エディション」は、左ハンドル30台、右ハンドル70台の合計100台限定販売で、メーカー希望小売価格（消費税込み）は1646万円となっている。
限定車「メルセデスAMG CLE 53 4マティック+ クーぺ マヌファクトゥーア エディション」主な追加装備
外装色：マヌファクトゥーア グラファイトグレーマグノ（マット）
内装色：ブラック：本革（AMGナッパレザー）
インテリアトリム：AMGカーボンファイバーインテリアトリム
●20インチ鍛造AMGアルミホイール
●AMGスタイリングパッケージ
●AMGカーボンファイバードアミラー
●AMGナイトパッケージ
●AMGエクステリアナイトパッケージⅡ
●AMGカーボンファイバースポイラーリップ
●AMGパフォーマンスシート
●AMGパフォーマンスステアリング（カーボンファイバー/MICROCUT）
●イエローシートベルト
●運転席・助手席マルチコントロールシートバック
●AMGダイナミックプラスパッケージ
●AMGダイナミックエンジンマウント
●パノラミックスライディングルーフ
●運転席・助手席シートベンチレーター（シートヒーター機能含む）
●エアバランスパッケージ
